Школа самостоятельно осуществляет финансово-хозяйственную деятельность в порядке, установленном законодательством Российской Федерации, имеет самостоятельный баланс и  лицевой счет. В смете расходов и доходов образовательного учреждения отражаются все доходы, получаемые как из бюджетных фондов, так и от осуществления предпринимательской и иной, приносящей доход, деятельности, оказания платных услуг, другие доходы. Школа является юридическим лицом. Введена и функционирует новая система оплаты труда для педагогов и всех сотрудников. Задачами  внебюджетной деятельности являются разработка и обоснование способов рационального расходования бюджетных и внебюджетных средств, эффективного использования материальной базы и имущества  и расширение сферы дополнительных образовательных услуг для населения. 

Предоставление обучающимся МОБУООШ № 31 имени П.Я. Штанько станицы Бесскорбной стипендий и мер социальной поддержки  не предусмотрено.